В ubuntu 9.04 не работает cvCaptureFromFile, cvCaptureFromCAM...

А не работают эти функции потому opencv собран без поддержки ffmpeg. А произошло это потому что в убунте пакеты для разработки (*-dev) ffmpeg'а разбиты на несколько пакетов (libavformat-dev, libavcodec-dev, libavfilter-dev подробности...) которые ставятся в свои отдельные директории. По этому конфигурационный скрипт просто не находит ffmpeg в системе... но даже если скормить конфигу правильные пути, opencv всё равно собираться не будет (коммент).

Но, благодаря усилиям Gijs Molenaar, в его PPA появилась пропатченная версия opencv с поддержкой видео для ubuntu 9.04!
Устанавливаем так:
sudo apt-key adv --recv-keys --keyserver keyserver.ubuntu.com cafc44ee7f39098ce6ec229cca70e6a9087475a0
Далее в менеджере репозиториев добавляем:
deb http://ppa.launchpad.net/gijzelaar/opencv/ubuntu jaunty main
Потом просто обнавляем opencv в синаптике.

Ссылки

Баг на launchpad
Описание решения на английском